中共重庆工程学院委员会前身是2002年7月经中共重庆市巴南区委教育工委批准成立的中共重庆正大软件专修学院委员会，是重庆市最早成立的民办高校党委之一。2008年12月，按照市委组织部、市委教育工委要求，学校党委组织关系转入市委教育工委统一管理。
学校党委高举中国特色社会主义伟大旗帜，以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，增强“四个意识”、坚定“四个自信”、做到“两个维护”，全面贯彻党的基本理论、基本路线、基本方略，全面贯彻党的教育方针，坚持教育为人民服务、为中国共产党治国理政服务、为巩固和发展中国特色社会主义制度服务、为改革开放和社会主义现代化建设服务，坚守为党育人、为国育才，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人，为建设特色鲜明的工程技术大学提供坚强的思想保证、政治保证和组织保证。
学校党委设有12个党总支、1个分校区党工委、42个党支部，有专兼职党务工作人员180余人、党员1000余人，建有16个党员学习中心和34个校外党员实践教育基地，在两个校区分别建有标准化党员教育（活动）中心。
工作思路与成效
[工作思路]
学校党委全面贯彻新时代党的建设总要求和新时代党的组织路线，坚持立德树人根本任务，不断健全组织体系、制度体系和工作机制，推进党建工作与事业发展深度融合，以高质量党建引领学校事业高质量发展。坚持一手抓规范、一手抓示范，形成了“12345”民办高校党建工作体系，即坚持一个中心：充分发挥党组织政治核心作用；围绕两大目标：加强学校党的建设，加强学校思想政治教育工作；实施三大举措：构建党委充分发挥作用的核心体系，实现党的组织和党的工作有效覆盖，推进党建工作和业务工作互融互促；着力四个突出：突出党委政治核心地位，突出思想政治工作和意识形态工作，突出基层组织规范性建设，突出党员教育管理和作用发挥；推进五项重点任务：党建工作制度化，党建创新项目化，基层党建品牌化，党员教育丰富化，思政格局系统化。
[工作成效]
学校党委以把方向、管大局、做决策、抓班子、带队伍、保落实“六个过硬”为标准，坚持基层导向、问题导向、效果导向，着力解决基层党建的薄弱环节，实现党建体系更加科学、更加严密、更加有效，深入开展党建标杆院系、样板党支部选树，积极发挥各级党组织的政治核心作用、战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，被市委教育工委命名为重庆市首批新时代高校党建“双创”示范高校 (重庆市民办高校唯一)，计算机与物联网学院入选“全国党建工作标杆院系培育创建单位”，管理学院学生第一党支部被教育部命名为“全国高校党建工作样板支部”，软件与人工智能学院学生第一党支部入选“全国党建工作样板支部培育创建单位”，管理学院党总支荣获“重庆市先进基层党组织”称号，软件与人工智能学院学生第一党支部荣获“重庆市教育系统先进基层党组织”称号。“民办高校党建+阵地延伸”成果荣获重庆市第三届教育领域综合改革试点成果三等奖(重庆市民办高校唯一)。2021年11月《光明日报》以《夯实党的基层组织建设 筑牢学校人才培养根基》为题，2021年12月《中国教育报》以《立德树人 五育并举实现人才培养新境界》为题，2022年9月《重庆日报》以《聚焦产业 突出特色 培养应用型高级专门人才》为题，报道了学校党建和人才培养工作。
二级党组织
软件学院党总支
大数据与人工智能学院党总支
计算机与物联网学院党总支
电子信息学院党总支
智能制造学院党总支
数字艺术学院党总支
新媒体电商学院党总支
建筑工程学院党总支
管理学院党总支
基础学院党总支
马克思主义学院党总支
机关党总支
双桥校区党工委
党委职能部门
党委办公室
党委组织部（党校）
党委宣传部
党委统战部
党委学生工作部
党委教师工作部
党委武装部
纪检监察室